Ana Paula e Eduardo, boa tarde!
Implementamos o método /XNFE/IF_BADI_CALCULATE_AMNT~CALCULATE_AMNT para esse caso e funcionou perfeitamente!
Não precisamos exportar e importar tabela ou parâmetro algum, essa BAdI já vem carregada o valor da duplicata, foi muito simples, apenas fizemos a leitura da tabela interna it_cobr_dup e passamos o valor da duplicata ls_cobr_dup-v_dup para o parâmetro ev_amnt.
Funcionou perfeitamente, manteve a integridade das informações do xml, com o valor total da NF sendo o serviço mais os componentes (linha dos componentes não-estatística na MIRO, uma vez que os componentes estão compondo o valor total da NF) e o valor pago ao fornecedor igual ao valor da duplicata.
Valores fiscais e do contas a pagar ok! 
Abs,
Sola